2 физ.лица учредили — ЗАО, у каждого по 50% акций, один и них — Ген.директор, второй — гл.инженер. Между ними возник….

А они на кого по Уставу возложили обязанности решать вопросы по штатной численности работающих, определению направления деятельности предприятия, и именно по приёму и увольнению руководящего состава. Ведь таким образом второй акционер может спровоцировать остановку деятельности всего предприятия, разослав в банк и другим контрагентам сообщения о том, что он оспаривает протокол о назначении директором второго акцонера и вообще хочет реорганизовать предприятие путем выдела из него своей доли на стоимость своих акций. Когда 50 на 50 самое неважное при управлении обществом.

Права "главного инженера" как акционера ЗАО никак не связаны с наличием или отсутствием у него трудовых отношений с этим самым ЗАО.
Защита трудовых прав осуществляется в соответствии с Трудовым Кодексом РФ.
Реализация и защита прав акционера - в соответствии с ФЗ "Об акционерных обществах".

вот только по собственному желанию точно не надо писать заявление, если этого желания нет.

ген директор может его уволить по сокращению штатов, если в учредительном договоре написано, что только ген директор решает эти вопросы. Но гл инженер остается акционером и учредителем и с этой "должности" уволить его не смогут. Нужно будет созвать собрание акционеров и обсудить вопрос о сокращении на собрании акционеров. Кстати скорее всего вопросы предстоящего сокращения правильнее, а в данном случае и выгоднее, решать собранием

Дело в том, что при увольнения гл. инженера, вы не сможете выжить учредителя из бизнеса, гл. инж. это всего лишь должность, а физ. лицо является учредитель. Так что у него ничего не получиться, 50% все равно экс гл. инженера.
.

Действия генерального директора правомерны, при условии что он соблюдает нормы ТК. Как единоличный исполнительный орган, генеральный директор один вправе решать все вопросы связанные с приемом-увольнением сотрудников, за исключением случаев, когда на предприятии действует профсоюз и/или заключен колдоговр, где вопросы увольнения могут быть прописаны иначе. В данном случае действия ГД ни как не связаны с вопросом состава акционеров/учредителей ЗАО. Мухи отдельно - котлеты отдельно. Плохо то, что акции распределены как 50% на 50% если есть конфликт учредителей, то решить его невозможно. Даже в суде.