Как и в 1918–1920 гг., главным партнером Турции на Юге Кавказа стал Азербайджан. 16 декабря 1991 г. независимость Азербайджана была признана Турецкой республикой. С приходом к власти в Азербайджане президента А.Эльчибея Турция рассматривалась в качестве объекта поклонения. Сам азербайджанский лидер называл себя «солдатом Ататюрка». В одном из интервью Эльчибей заявил: «У Азербайджана с Турцией особые, родственные отношения». Глава Азербайджана совершил визит в Турцию в ноябре 1992 г. Однако турецкие власти оказались не готовыми к равному партнерству с новым независимым государством, предпочитая традиционную роль «старшего брата». В ходе армяно-азербайджанского конфликта Турция оказала содействие Азербайджану. В 1993 г. была перекрыта армяно-турецкая граница. Однако полномасштабной турецкой военной интервенции в Армению, как в 1918–1920 гг., не произошло. Падение режима А.Эльчибея и НФА открыло путь к власти Г.Алиеву. Новый лидер республики, хотя и отказался от радикального пантюркизма, продолжил курс на сотрудничество с Турцией. Официальной идеологемой Азербайджана стало признание азербайджанцев и турок двумя разными, но родственными народами. В 1994 г, выступая в Великом национальном собрании Турции, Г.Алиев подчеркнул стратегический характер взаимоотношений между Турцией и Азербайджаном. В 1990-е годов Турция взяла на себя роль доверенного лица Азербайджана в НАТО, других международных организациях. Значительную роль в развитии азербайджано-турецких отношений играет военное сотрудничество. Начиная с 1996 г. в Азербайджане регулярно работают турецкие военные советники, а в Турции проходят обучение и переподготовку азербайджанские военные.

С начала 1990-х годов несмотря на определенные политические расхождения (абхазская проблема, репатриация турок-месхетинцев) интенсивно развиваются грузино-турецкие отношения. В 1998 г. был подписан Меморандум о взаимопонимании в вопросах военного сотрудничества между Министерством обороны Грузии и Генштабом Турции. Данный документ предусматривал организационно-методическую помощь Турции в подготовке офицерских кадров для вооруженных сил Грузии. В начале 1999 г. столицу Турции посетил глава Грузии Э.Шеварднадзе.

Наибольшим драматизмом отличаются политические отношения между Турцией и Арменией. Главными причинами армяно-турецкого конфликта сегодня являются геноцид армян (точнее сказать, отрицание факта геноцида со стороны Турции) и проблема Нагорного Карабаха. Современная турецкая историография рассматривает события 1915 г. как «вынужденную депортацию» армян, оправданную, во-первых, условиями военного времени, а во-вторых, жестокостью армян по отношению к туркам и их нелояльностью властям Османской империи. Для официальной Анкары признание геноцид