Согласно пункту 2 статьи 346.11 главы 26.2 «Упрощенная система налогообложения» Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) организации, перешедшие на упрощенную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога, подлежащего уплате при ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации.
Пунктом 3 статьи 169 главы 21 «Налог на добавленную стоимость» Кодекса предусмотрено, что составлять счета-фактуры обязаны налогоплательщики налога на добавленную стоимость, реализующие товары (работы, услуги) на территории Российской Федерации. В связи с этим организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, при осуществлении операций по реализации товаров (работ, услуг) оформлять счета-фактуры не должны.
В соответствии с пунктом 5 статьи 173 главы 21 Кодекса в случае выставления налогоплательщиком, перешедшим на упрощенную систему налогообложения, покупателю товаров (работ, услуг) счета-фактуры с выделением суммы налога на добавленную стоимость вся сумма налога, указанная в этом счете-фактуре, подлежит уплате в бюджет. При этом вычет налога на добавленную стоимость по приобретенным товарам (работам, услугам) нормами главы 21 Кодекса не предусмотрен.

Проще говоря, при УСН вычесть НДС нет возможности, а вот если выставили счет покупателю с НДС, то его придется уплатить в бюджет.