мое мнение, проверенное практикой, таково.

задача бухгалтерии — вести учет и готовить отчеты в первую очередь для фискальных органов. именно поэтому фискалы пробили положение в законе о бухучете, по которому главбух подчиняется непосредственно руководителю организации. посему, пусть себе работают на фискалов, и не лезут туда, куда не надо.

а финансовая служба (а правильнее — финансово-экономическая служба) пусть занимается учетом и отчетностью, необходимой предприятию и его хозяевам. и возглавлять финансово-экономическую службу должен финансовый директор.

на вопрос, «кто кому подчиняется, финансовый директор главному бухгалтеру или наоборот» ответ один — никто и никому. они оба подчиняются руководителю организации, выполняя разные задачи.