Вопрос по НДС….

Если организация переходит на спецрежимы, предусмотренные гл. 26.2 и 26.3 Налогового кодекса РФ, то восстанавливать НДС по объектам недвижимости, ранее принятый к вычету, следует в порядке, предусмотренном пп. 2 п. 3 ст. 170 Кодекса. То есть восстановить налог надо исходя из остаточной стоимости имущества в периоде, предшествующем переходу на спецрежим. Ведь новый порядок восстановления, предусмотренный п. 6 ст. 171 Налогового кодекса РФ, распространяется только на плательщиков НДС. А организация, перешедшая на специальный налоговый режим, таковой не является.
Норма, обязывающая восстановить НДС при переходе на упрощенную систему налогообложения, начала действовать с 1 января 2006 г. При этом согласно поправкам НДС восстанавливается в налоговом периоде, предшествующем переходу на спецрежим.
Письмо Минфина России от 23.03.2007 N 03-07-11/67 разъясняет, что "согласно пп. 2 п. 3 ст. 170 гл. 21 "Налог на добавленную стоимость" Налогового кодекса РФ в редакции, действующей с 1 января 2006 г., при переходе налогоплательщика на специальные налоговые режимы в соответствии с гл. 26.2 "Упрощенная система налогообложения" и 26.3 "Система налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности" Кодекса суммы налога на добавленную стоимость, принятые к вычету налогоплательщиком по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, и имущественным правам в порядке, предусмотренном гл. 21 Кодекса, подлежат восстановлению в налоговом периоде, предшествующем переходу на указанный режим".

вывод: НДС востанавливать надо (пропорционально остаточной стоимости). Обратную точку зрения можно будет отстоять только в суде.

Наверное надо восстанавливато в общем порядке, пропорционально остаточной стоимости, т. е. не всю сумму НДС

Да, должны посмотрите ст.170 п.3 п.п 2 Налогового Кодекса РФ: "При переходе налогоплательщика на специальные налоговые режимы в соответствии с главами 26.2 и 26.3 настоящего Кодекса суммы налога, принятые к вычету налогоплательщиком по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, и имущественным правам в порядке, предусмотренном настоящей главой, подлежат восстановлению в налоговом периоде, предшествующем переходу на указанные режимы."