Первый вариант, более простой но и дороже (!), т.к. фирма занимается всем — с момента оформления документов, до бронирования авиабилетов. В случае если у тебя нет з.паспорта, они его тоже могут оформить. Т.е. легче, но дорого.

Второй вариант — если тебе оформит приглашение, японская сторона, это человек живущий и официально работающий (т.е. зарегестрированный) на территории Японии это может быть и русский или же японец. У меня знакомые русская семья, периодически оформляют приглашение для своих родственников и близких из России.
если тебе оформляют приглашение и ты хочешь максимально сэкономить, то приглашающая сторона пишет тебе программу прибывания (глупо — всё по дням с момента приезда, где и куда, до момента отлёта, это требуется в Яп. консульстве твоего города или же где оно есть по близости?). Затем туда-же различные формы заполненные приглашающим (есть на сайте), Кто,Откуда и прочие данные твои и японской стороны, по какой причине ты едешь, почему приглашают, и т.д. и т.п. — бумажек много, как обычно… Но потом нормально — на таможне не придираются. На японской стороне спрашивают, задают некоторые вопросы, можно просто пожимать плечами, если действительно не понимаешь или же просто ответить :»Вакаранай (не понимаю) «сумимасен (извените)». Т.к. они сами народ вежливый и нормальный, поэтому это нормально. По времени оформление визы около 4-7 дней бесплатно, но ты уже должен определить время и рейс (знать его номер, для документов, можно зараннее забронировать).

О искала искала и нашла здесь описано всё , что требуется — это сайты Японского Консульства, все вопросы которые тебя интересуют:
http://www.vladivostok.ru.emb-japan.go.j… — в г. Владивостоке

[ссылка появится после проверки модератором] — посольство Японии в России

А вообще можно просто по телефону туда позвонить (в ближайшее) и посоветоваться, как поступить если у тебя Казахстанский пасспорт, они нормально отвечают и объясняют всё, скажи, что в первый раз и к кому лучше обратиться чтобы посоветовали, какие документы какую визу лучше и т.д. и.п.