Хотелось бы понять, в принципе, НДС (фактически перечисленный в бюджет) учитывается в составе затрат при расчете налога на прибыль или нет, т.е. выплачивается уже с чистой прибыли после уплаты налога на прибыль ???

Если кто сможет просто пояснить буду благодарен. 

Как разъяснено в Методических рекомендациях по применению главы 25 «Налог на прибыль организаций» части второй Налогового кодекса Российской Федерации, утвержденных Приказом МНС РФ от 20 декабря 2002 г. № БГ-3-02/729 (далее – Методические рекомендации), в состав расходов включаются все налоги и сборы, начисляемые организацией в соответствии с законодательством о налогах и сборах (единый социальный налог, налог на имущество и т.д.), по которым она является налогоплательщиком, за исключением налога на добавленную стоимость, акцизов, налога с продаж, предъявленных налогоплательщиком покупателю (приобретателю) товаров (работ, услуг, имущественных прав), а также сумм налога на прибыль и платежей за сверхнормативные выбросы загрязняющих веществ в окружающую среду, которые не учитываются в целях налогообложения. Основанием для учета подобных расходов будут суммы, отражаемые в налоговых декларациях по соответствующему налогу, подлежащие уплате в бюджет. Подобные расходы учитываются в том периоде, за который представляются расчеты (декларации). При этом следует иметь в виду, что не включаются в состав расходов, учитываемых при исчислении налога на прибыль, налоги, уплачиваемые (начисленные) в связи с осуществлением налогоплательщиком специальных налоговых режимов либо в связи с осуществлением деятельности, доходы и расходы от которой не учитываются при исчислении налоговой базы по налогу на прибыль.
Рассмотрим порядок применения указанных норм при учёте соответствующего налога в «нестандартных» ситуациях.