Если вы менеджер в ТА, то по договору с ТО выплатить неустойку должно ваше ТА, у клиента нет договора с ТО, а есть договор с вашим ТА, но! Есть такой замечательный Закон о ЗПП, и клиент может в любой момент от всего отказаться, оплатив «фактически понесенные расходы», вы же как ТА не являетесь потребителем и ваши отношения с ТО регулируются только условиями договора.

В общем к чему я это пишу, ситуация ваша стара как мир, при любом бронировании надо сначала проверить какие обязательства на вас накладывает это бронирование (условия аннуляции и т.п.), взять предоплату с клиента, чтобы она покрывала сумму обязательств, и сразу после получения подтверждения от ТО брать оставшуюся доплату. А в данной ситуации право ваше руководство, вы своими действиями нанесли ущерб компании, вы его и будете компенсировать.
Самый лучший вариант это найти другого клиента под отказной тур, в крайнем случае даже со скидкой, ТО в этом вопросе пойдет вам навстречу, если это не горящий, а новогодний тур, то найти клиента будет нетрудно, все приличное уже стоит на стопе и вылетов тоже не много.