В п.1 этой статьи определены категории налогоплательщиков, вы относитесь к категории, указанной в подпункте 2:

2) физические лица — исходя из сумм, полученных от продажи имущества, принадлежащего этим лицам на праве собственности, и имущественных прав;

далее пункты 3 и 4 определяют обязанности:

3. Налогоплательщики, указанные в пункте 1 настоящей статьи, обязаны представить в налоговый орган по месту своего учета соответствующую налоговую декларацию.
4. Общая сумма налога, подлежащая уплате в соответствующий бюджет, исчисленная исходя из налоговой декларации с учетом положений настоящей статьи, уплачивается по месту жительства налогоплательщика в срок не позднее 15 июля года, следующего за истекшим налоговым периодом.

Так что пени вам предъявляют необоснованно. Если только вы не подаете декларацию по доходам, полученным ранее 2008 года.

Так что не нервничайте, а спокойно и обстоятельно выясните основания начисления пеней. В налоговой тоже бывают накладки.
И ссылайтесь на нормы НК.
Я бы посоветовала вам во избежание дальнейших накладок и для подстраховки пойти в налоговую с заявлением, примерно такого содержания:
Прошу проверить правомерность начисления пеней по требованию № дата с суммы дохода такой то, полученной мною от продажи квартиры в 2008 году; Срок уплаты налога согласно статье 228 НК — до 15 июля 2009 года. Декларация подана таког-то числа.

Удачи вам! И поберегите нервы!