В декларации 3-НДФЛ необходимо отразить только доходы, полученные от продажи автомобиля, а также доходы, полученные от иной деятельности, не относящейся к предпринимательской.
В данном случае, если кроме предпринимательства вы работаете еще где-то, то эти доходы отражаются. Доходы, задекларированные по декларации УСНО, в 3-НДФЛ не вносятся.

Для Студентки: не знаю, как у вас, а у меня налог с владельца транспортных средств идет уже в квитанции из налоговой со статусом 09, т.е. индивидуальный предприниматель, хотя автомобиль приобретался как на физическое лицо.