НК РФ статья 220 п 1
«При определении размера налоговой базы …налогоплательщик имеет право на получение …имущественных налоговых вычетов:…в суммах, полученных налогоплательщиком …от продажи …квартир… находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 рублей»

Но должны подать декларацию по форме 3-НДФЛ
НК РФ Статья 228 п 1
«Исчисление и уплату налога в соответствии с настоящей статьей производят следующие категории налогоплательщиков:…физические лица — исходя из сумм, полученных от продажи имущества, принадлежащего этим лицам на праве собственности»
НК РФ Статья 229 п 1
«Налоговая декларация представляется налогоплательщиками, указанными в статьях 227 и 228 настоящего Кодекса. Налоговая декларация представляется не позднее 30 апреля года, следующего за истекшим налоговым периодом.»

В декларации укажите доход к примеру 900 000, имущественный вычет 900 000, налогооблагаемой базы по этой сделке не будет.