Возвращение Христофора Колумба из своей первой экспедиции и весть о том, что он открыл «Западную Индию», встревожили Португалию – это открытие лишало её предоставленных ранее территориальных прав. Кастилия, однако, отказывалась признавать папские пожалования, ссылаясь на право первого открытия. Разрешить конфликт миром мог лишь глава католической церкви.

3 мая 1493 папа Александр VI Борджия (Родриго Борха), родом из Испании, объявил, что все земли, которые Кастилия открыла или откроет западнее меридиана, проходящего в 100 лигах западнее островов Зелёного Мыса, должны принадлежать ей, а новые земли, которые будут открыты в районах восточнее этой линии — Португалии, причём это правило не распространялось на территории, уже находящиеся под владычеством христианских стран. Естественно, это не понравилось португальскому королю Жуану II, который и начал переговоры с королём Фердинандом II Арагонским и королевой Изабеллой I Кастильской о том, чтобы эту линию сдвинуть западнее.

В момент подписания Тордесильясского договора Колумб совершал свою вторую экспедицию, поэтому Испания установила для себя оговорку, что до 20 июня демаркационная линия сдвигается на 120 лиг, и, если в этом регионе будут обнаружены новые земли, то они отойдут к Испании. Договор также предусматривал отправку специальной двусторонней экспедиции для точной демаркации морской линии, но этот пункт не был выполнен.