Одно из писем Минфина на эту тему — письмо от 13 марта 2007 г. № 03-07-05/11. В обоснование своих выводов, чиновники указывают на тот факт, что рассматриваемые поступления связаны с оплатой реализованной продукции. Значит, они увеличивают налоговую базу по аналогии с суммами, которые получены за реализованные товары (работы, услуги) в виде финансовой помощи, на пополнение фондов специального назначения, в счет увеличения доходов либо иначе связанных с оплатой реализованных товаров (работ, услуг) (подп. 2. п. 1 ст. 162 НК РФ).

Однако с Минфином России можно поспорить.
Альтернативная точка зрения

Статьей 146 Налогового кодекса определен закрытый перечень операций, признаваемых объектом налогообложения. Штрафы, пени и неустойки в этом перечне отсутствуют.

Пункт 2 статьи 153 Налогового кодекса предусматривает также включение в выручку от реализации прочих доходов, связанных с реализацией. Однако определения понятия «выручка от реализации» в налоговом законодательстве не содержится. Следовательно, мы можем определять это понятие на основании других отраслей законодательства Российской Федерации, в том числе по нормам законодательства о бухгалтерском учете (ст. 11 НК РФ).

Так, разделом III ПБУ 9/99 «Доходы организации» пени и неустойки за нарушение условий договоров отнесены к прочим доходам. Учитывая вышеизложенное, штрафы, пени и неустойки не имеют связи с реализацией товаров (работ, услуг) соответственно не должны включаться в налоговую базу для исчисления НДС.

Кроме того, налогоплательщик может использовать другие аргументы, которые обычно используют судьи при решении налоговых дел по рассматриваемому вопросу.

Арбитражную практику в пользу налогоплательщика можно посмотреть http://www.klerk.ru/articles/?97514