Переходные положения предусмотрены в п. 12 ст. 9 Федерального закона от 26.11.2008 N 224-ФЗ: если товарообменные операции, взаимозачеты, расчеты ценными бумагами осуществляются с 1 января 2009 г., но товары (работы, услуги, имущественные права) были приняты к учету до этой даты, НДС ставится к вычету в соответствии с ранее действовавшим порядком. То есть в ситуации, когда товары отгружены в 2008 г., а акт взаимозачета подписан уже в 2009-м, налоговые органы будут по-прежнему требовать принимать к вычету только суммы НДС, перечисленные отдельным платежным поручением. О проблеме принятия к вычету НДС при взаимозачете см. в Практическом комментарии основных изменений налогового законодательства с 2008 года.