Так как эти доходы не являются зарплатой работника, то применять при их учете документ «Начисление зарплаты работникам организаций» неправомерно. Подобные доходы в программе 1С:Бухгалтерия 8 отражаются специальным документом — «НДФЛ и ЕСН – доходы и налоги». При проведении этих операций вручную программа перестанет правильно начислять НДФЛ, так как документ формирует не только проводки в регистрах бухгалтерии, но делает записи в соответствующих регистрах накопления.
Отражение сверхнормативных суточных в программе для целей налогообложения прибыли — это отдельная тема.