Название МОСКВА утвердилось, по-видимому, только в XIV веке. Первоначально город именовался немного иначе – МОСКЫ. Корень МОСК в древнерусском языке имел значение «вязкий, топкий» или «болото, сырость, влага, жидкость». Так предполагал Г.А. Ильинский.
П.Я. Черных высказал предположение о диалектном характере слова МОСКЫ еще в раннем историческом периоде языка восточных славян. Ученый считал, что его в значении «влага» использовали славяне-вятичи, потому что слова с корнем МОСК, МАЗГ, связанные с понятием «влага», имеются в современном словацком, литовском и латышском языках. Исходя из этого, он сделал вывод, что название МОСКВА можно истолковать как «топкая, болотистая, мокрая».
Известный российский ученый-лингвист академик В.Н. Топоров поддерживает гипотезу о связи названия МОСКВА с балтийскими языками. Во-первых, он утверждает, что компонент ВА не является словом из финно-угорского языка, а именно языка коми, и соотносящегося с терминами «вода, река» и т.п., а является частью нарицательного слова. В доказательство он приводит названия рек с компонентами ВА к западу от столицы – в Верхнем Поднепровье и Прибалтике. Учитывая это, академик относит гидроним МОСКВА к балтийским языкам. Во-вторых, в славянском корне МОСК ученый устанавливает его общность с балтийским корнем MASK, приводя похожие слова со сходными корнями и примерно одинаковыми смысловыми связями. И в русском и балтийских языках они, оказывается, означают понятия «жидкий», «мягкий», «слякотный» и т.п. По версии академика название МОСКВА следует связывать с широким кругом значений, которые могли быть реальными признаками реки, а именно, с представлениями о чем-то жидком, мокром, топком, слякотном, вязком.
Есть версия и чисто балтийская. Например, ее сторонник Б.М. Тюльпанов связывет слово МОСКВА с литовским MAZG «узел» и VANDUO «вода». В этом случае название Москвы-реки переводится как «узловая вода», «связующая вода».