НК РФ
Статья 333.40. Основания и порядок возврата или зачета государственной пошлины
6. Плательщик государственной пошлины имеет право на зачет излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины в счет суммы государственной пошлины, подлежащей уплате за совершение аналогичного действия.
Указанный зачет производится по заявлению плательщика, предъявленному в уполномоченный орган (должностному лицу), в который (к которому) он обращался за совершением юридически значимого действия. Заявление о зачете суммы излишне уплаченной (взысканной) государственной пошлины может быть подано в течение трех лет со дня принятия соответствующего решения суда о возврате государственной пошлины из бюджета или со дня уплаты этой суммы в бюджет. К заявлению о зачете суммы излишне уплаченной (взысканной) государственной пошлины прилагаются: решения, определения и справки судов, органов и (или) должностных лиц, осуществляющих действия, за которые уплачивается государственная пошлина, об обстоятельствах, являющихся основанием для полного возврата государственной пошлины, а также платежные поручения или квитанции с подлинной отметкой банка, подтверждающие уплату государственной пошлины.

А это — как пример судебной позиции по такого рода спорам:
Информационное письмо Президиума Высшего Арбитражного Суда РФ от 25 мая 2005 г. N 91
«О некоторых вопросах применения арбитражными судами главы 25.3 Налогового кодекса Российской Федерации»
19. Согласно пункту 6 статьи 333.40 Кодекса плательщик государственной пошлины имеет право на зачет излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины в счет суммы государственной пошлины, подлежащей уплате за совершение аналогичного действия. Указанный зачет производится по заявлению плательщика, предъявленному в уполномоченный орган (должностному лицу), в который (к которому) он обращался за совершением юридически значимого действия.
Учитывая это обстоятельство, арбитражный суд, разрешая вопрос о принятии искового заявления, иного заявления, жалобы к рассмотрению, производит этот зачет при представлении плательщиком государственной пошлины документов, перечисленных в пункте 6 названной статьи, о чем выносит судебный акт.
При этом необходимо иметь в виду, что возможен зачет такой излишне уплаченной пошлины, которая была уплачена в связи с рассмотрением дела в любом из арбитражных судов Российской Федерации.
Аналогично решается вопрос и о зачете излишне взысканной государственной пошлины.