Согласно пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ суммы НДС, принятые к вычету по указанным товарам, при переходе на УСН необходимо восстановить.
По общему правилу налог восстанавливается в той же сумме, в которой он был принят к вычету (абз. 2 пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). Единственное исключение сделано для основных средств и НМА. По ним налог восстанавливается в части, пропорциональной их остаточной (балансовой) стоимости без учета переоценки.
Обратите внимание!
Минфин России указывает, что при определении суммы восстанавливаемого НДС за основу берется остаточная стоимость основных средств по данным бухгалтерского учета (Письмо от 05.06.2007 N 03-07-11/150).

Восстанавливать НДС вы будете в налоговом периоде, предшествующем переходу на «упрощенку» (абз. 5 пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). Напомним, что налоговым периодом по НДС является квартал (ст. 163 НК РФ).

Например, вы переходите на УСН с 1 января 2009 г. Значит, НДС вы восстановите в IV квартале 2008 г.

Учесть восстановленный НДС вы сможете при исчислении налога на прибыль в составе прочих расходов согласно ст. 264 НК РФ (абз. 3 пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). На это указывает и Минфин России в Письме от 07.12.2007 N 03-07-11/617.
ПРИМЕР
восстановления НДС по основному средству при переходе с ОСН на «упрощенку»

Ситуация

Организация «Альфа», находясь на общей системе налогообложения, приобрела основное средство — автомобиль стоимостью 354 000 руб., включая НДС 54 000 руб. Сумма налога была принята к вычету.
К моменту перехода организации на УСН остаточная стоимость автомобиля для целей бухгалтерского учета составила 130 000 руб.

Решение

Организация «Альфа» обязана восстановить принятый к вычету НДС в размере 23 400 руб. (130 000 руб. x 18%).
В бухгалтерском учете операции по восстановлению НДС и включению его в расходы отражаются проводками.
Дт 19 Кт 68 23400 Восстановлен НДС с
остаточной стоимости ОС (счет-фактура)
Дт91-2 Кт19 23400 Отражен прочий расход в сумме восстановленного НДС
(Бухгалтерская справка-расчет)