После этого Магеллан принимает решение эмигрировать в Испанию и перейти на службу к испанскому королю. Однако его цель — найти западный путь к Молуккским островам оставалась неизменной. В этом ему, как ни странно, много помогла неразвитость географии тех времен. Тогда принадлежность новооткрытых колоний определялась по Тордесильясскому договору — все земли лежащие западнее меридиана, проходящего в 370 лигах (около 1770км) западнее о-вов Зеленого мыса принадлежали Испании, восточнее — Португалии. Размеры земного шара были плохо известны, а измерять долготу умели плохо, почему многие картографы считали, что Молуккские острова должны принадлежать Испании, а не Португалии. (На самом деле линия Тордесильясского договора должна была проходить по меридиану 49°33' з.д. — 130°27' в.д., т.е. острова должны были принадлежать Португалии — Магеллан это не знал или делал вид, что не знал).

В 1517 году этот проект был принят испанским королём, и 20 сентября 1519 года флотилия из пяти судов с командой в 265 человек во главе с Магелланом вышла из порта Сан-Лукар-де-Барамеза (устье реки Гвадалквивир) на поиски юго-западного пролива из Атлантического океана в открытое в 1513 году конкистадором Васко Нуньес де Бальбоа «Южное море». Кроме того, в инструкции, данной Магеллану королём Карлом I, было сказано: «Поскольку мне доподлинно известно, что на островах Молукко имеются пряности, я посылаю вас главным образом на их поиски, и моя воля такова, чтобы вы направились прямо на эти острова».