Первоначальные укрепления Петропавловской крепости, — насыпные валы и глинобитные стены, — были закончены к концу лета 1703 г. под личным наблюдением царя и его ближайших соратников. Согнанные на строительство крестьяне и солдаты работали от рассвета до темноты, в ускоренном ритме, часто при полном отсутствии продовольствия, при влажной, сырой и дождливой погоде, по колено в грязи в болотистой почве Невской дельты. Они умирали десятками и даже сотнями. Но продолжавшаяся война вынуждала форсировать строительство, невзирая на условия. К августу первопоселенцы столкнулись с санкт-петербургскими наводнениями из-за ливневых дождей и ветра, гнавшего воду из Финского залива в Неву. Эта территория с нездоровым климатом и природными условиями была важна как стратегический пункт, что было причиной продолжения большого городского строительства, невзирая на все потери и дополнительные расходы.

В течение нескольких первых лет существования вокруг Петропавловской крепости существовал небольшой городок, преимущественно военный, обслуживавший нужды крепости. Все изменилось в 1712 г., с решением Петра Великого перенести столицу России в Санкт-Петербург, это дало городу новые возможности и резервы для развития.