Менее десятой части территории страны составляют сельскохозяйственные угодья. Это долина дельты Нила, несколько оазисов в пустыне и земли вдоль Суэцкого канала. Более 90% территории занимают пустынные земли, среди которых Ливийская пустыня, часть пустыни Сахара и Аравийская (Восточная) пустыня.

В Ливийской пустыне расположен обширный песчаный участок, называемый Великое Песчаное море. В нем находится несколько впадин, в том числе впадина Каттара площадью около 18000 кв.км. глубина которой достигает 113 м ниже уровня моря — самое низкое место Африки. Большую часть Аравийской пустыни занимает плоскогорье высотой около 600 м, на восточном краю ее находятся редкие горы, достигающие высоты 2100 м.

На крайнем юге страны, вдоль границы с Суданом находится Нубийская пустыня. Синайский полуостров также занят пустыней на севере и скалами высотой более 2100 м на юге у берегов Красного моря. Высочайшая точка Египта гора Джабал-Катрина (2637 м) находится на Синайском полуострове. Именно на ней, согласно Ветхому Завету, Моисей получил Десять Заповедей. Нил течет через весь Египет от суданской границы до Средиземного моря и практически на всем своем протяжении (около 1545 км) он находится в узкой долине, окруженной скалами.

На юге страны находится искусственное озеро Нассер, образованное Асуанской плотиной. На севере, у Каира, образуется дельта Нила шириной около 250 км. Географический и исторически Египет делится на Верхний Египет — территория дельты, и Нижний Египет — узкая долина (23 км) на юг от Каира.