Яхмос продолжил войну с гиксосами. До нас не дошло ни одного документа, относящегося к первому периоду этой войны. Также не сохранилось ни одной царской летописи. Но один из союзников фараона, его тезка Яхмос, сын Ибаны, из династии номархов Эйлейтииасполя (егип. Анхаб, совр. Эль-Каб), к счастью, оставил отчёт о собственной военной карьере на стенах своей гробницы, в достаточной мере отражающий ход военных действий. Когда Яхмос, сын Ибаны молодым юношей принял участие в этой войне, власть фараона Яхмоса уже распространялась на север, по крайней мере, до Мемфиса. Одержав победу в ряде битв на суше и на [[Нил]е, Яхмос подступил к столице гиксосов в Египте — Аварису (егип. Хат-уарит), и осадил её. Но осада Авариса была прервана, вследствие восстания одного из местных царьков южнее Эйлейтииасполя, которое Яхмос счёл настолько серьезным, что лично отправился подавлять его на юг.

Первое поселение на месте Авариса было основано в XX в. до н.э. при царе XII династии Аменемхете I. В результате постепенного заселения этой области в конце XII и во время XIII династии азиатскими племенами, поселение расширилось, став значительным многонациональным городом — центром морской и сухопутной торговли. В восточной части города находились храмы и кладбища, свидетельствующие о заимствовании пришельцами египетских традиций. XV гиксосская династия сделала Аварис своей столицей. По словам Манефона: «Найдя в номе Сетроите чрезвычайно удобно расположенный город, находящийся на восток от реки Бубастиса, именуемый по какому-то древнему религиозному преданию, Аварис, он [первый царь гиксосов] отстроил его и очень хорошо укрепил стенами» (Иосиф Флавий «Против Апиона» I. 14).

Во время правления гиксосов город продолжал расширяться и недостаток места привёл к вторжению жилой застройки на территорию погребений, в результате чего погребения стали примыкать к жилым домам и даже оказались внутри жилых зданий. Тогда же в западной части города возводится укреплённая цитадель.

После изгнания гиксосов около 1530 г. до н.э. при царе Яхмосе цитадель перестраивается, превращаясь из крепости в дворцовую царскую резиденцию. В украшении стен дворца принимают участие минойские художники. Территория дворца была населена во время правления Аменхотепа III, и, по-видимому, Рамсеса II. Во время Рамессидов к северу от Авариса возводится новая столица страны — Пер-Рамсес, а Аварис становится её портом.