В настоящее время широко применяются: норколут, примолют-нор, депо-провера, эстроген-гестагенные препараты (однофазные оральные контрацептивы) в непрерывном и, иногда, в циклическом режиме, даназол (данол, дановал), гестринон и, в последние годы золадекс, декапептил-депо и др.). Последняя группа препаратов дает наилучшие результаты в лечении заболевания.
Хирургические методы лечения эндометриоза применяют при узловых формах эндометриоза тела матки, при сочетании эндометриоза с фибромиомой матки, при эндометриоидных кистах яичников и в других случаях. После операции назначаются гормональные препараты на срок 6 месяцев. В некоторых случаях проводится и предоперационное гормональное лечение. Важное значение имеет использование лапароскопии при бесплодии, производят электрокоагуляцию очагов эндометриоза с последующим назначением гормонотерапии.

Кроме гормонального и хирургического лечения после операции проводят восстановительное лечение. Оно необходимо для профилактики возникновения спаечного процесса, предупреждения и коррекции возможных осложнений длительно применяемой гормонотерапии. Используют электрофорез йода и цинка, препараты, влияющие на функцию желудочно-кишечного тракта, печени и поджелудочной железы (фестал, панкреатин, метилурацил и др.), диетотерапию, витамины. В комплексную терапию включаются успокаивающие, обезболивающие, антиаллергические препараты.

К сожалению, терапия эндометриоза, особенно в сочетании с бесплодием не всегда бывает успешной. В таких случаях для лечения бесплодия используют метод ЭКО (искусственное оплодотворение). Нередко наблюдаются и рецидивы заболевания, что вносит в процесс лечения дополнительные сложности.