По современным представлениям подход к лечению должен быть следующим. При выявлении заболеваний, возбудителями которых могут быть уреаплазмы (уретрит, воспалительные заболевания матки и придатков, мочекаменная болезнь), врач должен помнить о том, что они могут вызываться уреаплазмами.

Стоит отметить, что возбудителями упомянутых заболеваний (уретрит, воспалительные заболевания матки и придатков, мочекаменная болезнь) являются не только уреаплазмы, но и многие другие микроорганизмы. На долю уреаплазм приходится лишь часть этих заболеваний.Для лечения уреаплазмоза применяются препараты, способные проникать внутрь клетки. Такими свойствами обладают тетрациклины (доксициклин, например) и макролиды (азитромицин, сумамед, авелокс, вильпрафен и др.)

Иногда неприятные симптомы проходят самостоятельно, без всякого лечения. У одних людей впоследствии могут отмечаться рецидивы появления таких симптомов, у других же этого не происходит, но причины этого пока не выяснены

Кроме того, в курс лечения уреаплазмоза включаются иммуномодуляторы и адаптогены: настойки эхиноцеи, женьшеня, лимонника, левзеи, алоэ и др.