Согласно пункту 2 стать 100 НК РФ акт налоговой проверки подписывается лицами, проводившими соответствующую проверку, и лицом, в отношении которого проводилась эта проверка (его представителем).

Налогоплательщик может участвовать в отношениях, регулируемых законодательством о налогах и сборах через законного или уполномоченного представителя (пункт 1 статьи 26 НК РФ).

Законными представителями налогоплательщика-организации признаются лица, уполномоченные представлять указанную организацию на основании закона или ее учредительных документов (пункт 1 статьи 27 НК РФ). То есть директор как раз и является законным представителем.

Уполномоченным представителем является любое лицо, которому выдана доверенность (пункт 1 статьи 29 НК РФ). Выдавать доверенность будет организация за подписью директора.

Таким образом, ваши действия должны быть следующими:
1. Учредитель принимает решение об избрании директора (это решение у вас уже есть, в виде отдельного пункта в решении о создании организации, иначе вашу организацию не зарегистрировали, орган указан также в выписке из ЕГРЮЛ).
2. Решаете, кто будет подписывать акт. Если директор, то пусть подписывает. Если другое лицо, то выдаете ему доверенность на участие в налоговых правоотношениях.

Доверенность от имени юридического лица выдается за подписью его руководителя или иного лица, уполномоченного на это его учредительными документами, с приложением печати этой организации (пункт 5 статьи 185 ГК РФ).
Без даты и печати доверенность недействительна.

Будут вопросы с налоговыми органами, обращайтесь. Наша компания как раз налогами и занимается. Вся информация здесь: http://www.profnk.ru

Вячеслав.