Название было выбрано Петром I в честь святого апостола Петра, небесного покровителя императора.Первоначальное Sankt-Piter-Burch было имитацией голландского произношения Sint-Petersburg, так как Пётр жил и учился некоторое время в Нидерландах.

Специального акта, определяющего название, присвоенное городу, принято не было. А лица из иноязычного окружения Петра, говорившие преимущественно на немецком, шведском, голландском языках, а также русские сподвижники, в той или иной мере владевшие этими языками, название «город Святого Петра» произносили и писали каждый на свой лад. Поэтому в источниках первой четверти 18 в. оно встречается более чем в 30 вариантах. Разнобой касался всех компонентов названия: Санкт, Сант и Сан; Питер и Петер (часто в родительном падеже Питерс, Петерс); бург, бурх и бурк, причём всё это в одно, два или даже три слова. Так среди вариантов, встречающихся в письмах Петра Великого, находим: Санктъпетерсъбурк (1703), Санктпитербурх (1703), Питербурх (1706), Санктпетерзбурк (1710); позже преобладают варианты с Питер: Санкт-Питер-Бург (1714),Санктъ Питербурх (1720).

В 1720-е название Санкт-Питер-Бурх меняется на Санкт-Петербург (близкое к нем. Sankt Petersburg). Кроме официального названия в народе появляется также сокращённое, на русский манер «Питер-град» или просто «Питер».

16 (27) мая 1703 русским царем Петром I на отвоеванных у шведов землях, называвшихся Ингерманландией, была заложена крепость Санкт-Питер-Бурх, так же стал называться и город.

Поскольку город начал строиться, когда еще продолжалась Северная война (1700—1721), первой и главной постройкой в нём стала крепость («фортеция»). Она была заложена на Заячьем острове в дельте реки Невы в нескольких километрах от Финского залива. Дату заложения крепости принято считать официальной датой рождения города. Существует распространенная легенда, что первый камень Петропавловской крепости был заложен царем Петром собственноручно и что во время этого события в воздухе был замечен орел. Но данные утверждения не подверждаются однозначно источниками: орлы не водятся в этой местности, а царь наиболее вероятно находился в это время в Лодейном поле, где строились корабли для будущего Балтийского флота.

Строительство основных городских построек шло за пределами крепости по берегам реки, для чего осушались расположенные в дельте Невы болота. Работами по строительству нового города руководили приглашенные Петром в Россию иностранные инженеры. С тем, чтобы ускорить возведение каменных домов, Пётр даже запретил каменное строительство по всей России, кроме Петербурга. Каменщики были вынуждены ехать на работы в Петербург. Кроме того, с каждого въезжавшего в город воза брался «каменный налог»: надо было привезти с собой определенное количество камня или же заплатить специальный сбор. Со всех окрестных областей на новые земли прибывали крестьяне для работы на строительстве.

Одним из важнейших событий в жизни молодого города стало прибытие первого торгового корабля: в ноябре 1703 года голландский торговый корабль пришвартовался в Петербурге. Шкиперу(капитану корабля) было вручено 500 золотых, также было обещано, что второй пришедший кораль получит 300 золотых, а третий — 150.