Как это часто бывало с ранними христианскими строениями, монастырь был построен на месте, где раньше находилось языческое строение. В данном случае на вершине холма находился храм Аполлона, окружённый стеной. Храм стоял над маленьким городком Кассино, население которого в основном составляли язычники, а сам город был незадолго до этого опустошён Остготами.

Первое, что сделал будущий святой Бенедикт, — он разбил статую Аполлона и уничтожил языческий алтарь. Своё новое место жительства он посвятил Иоанну Крестителю.

Обосновавшись, Бенедикт оставался здесь до конца своих дней. В Монтекассино он написал свой “Устав Бенедикта”, ставший законополагающим принципом западного монашества.

В 542 году его посетил здесь Тотила, король остготов.

В средние века орден бенедиктинцев был крупным земельным собственником, активно поддерживал папство в его притязаниях на господство в Европе. В частности, монастырю Монтекассино с X века принадлежала территория Понтекорво (Pontecorvo) в Южной Италии с центром в одноимённом городе. С XV века она передана Папской области.

В VIII веке здесь был монахом и умер Павел Диакон (Paulus Diaconus), выходец из знатного лангобардского рода, историк лангобардов.