При расчете процентов применяется ставка рефинансирования, действующая на дату уплаты процентов по займу. Отметим, что такой порядок определения налоговой базы применяется с 1 января 2008 г. До 1 января 2008 г. в расчете использовалась ставка рефинансирования, действующая на дату получения заемных (кредитных) средств.

Следствием изменений явилось то, что размер материальной выгоды, а следовательно, налоговую базу по беспроцентным займам определить нельзя. Это означает, что облагаемого НДФЛ дохода при получении беспроцентных займов не возникает (п. 6 и 7 ст. 3 НК РФ).

Однако, по мнению Минфина России, применительно к беспроцентным займам фактической датой получения доходов в виде материальной выгоды следует считать дату возврата заемных средств.

Данный вид доходов облагается НДФЛ по ставке 35% (ст. 224 НК РФ), за исключением выдачи сотруднику целевого займа на строительство или покупку жилья, когда применяется ставка 13 %. При налогообложении доходов по ставке 35% налоговые вычеты не применяются (п. 4 ст. 210 НК РФ).

При выдаче сотруднику беспроцентного займа или займа с пониженной процентной ставкой налоговым агентом является компания, выдавшая сотруднику заем (до 1 января 2008 г. – исходя из смысла гл. 23 НК РФ. С 1 января 2008 г. – на основании изменений, внесенных в п. 2 ст. 212 НК РФ Федеральным законом от 24.07.07 № 216-ФЗ).

Исчисление сумм НДФЛ производится налоговыми агентами нарастающим итогом с начала налогового периода по итогам каждого месяца применительно ко всем доходам, в отношении которых применяется ставка 13 %, с зачетом уже удержанной в предыдущие месяцы текущего налогового периода суммы налога. Что касается доходов, по которым применяются иные налоговые ставки, сумма налога исчисляется налоговым агентом отдельно по каждой сумме дохода (п. 3 ст. 226 НК РФ).

Налоговые агенты обязаны удержать начисленную сумму налога, которая не может превышать 50% от суммы выплаты, непосредственно из доходов налогоплательщика (в том числе из заработной платы).

ну или начислить налог с материальной выгоды и чтобы не подавать на удержание, пусть внесут деньги в кассу а вы перечислите бюджету.

А вот если учредитель и директор взяли в долг у организации без процентов, то у них тогда возникнет материальная выгода, облагается по ставке 35%.

Просто из вашего текста я не поняла кто у кого в долг брал, поэтому описала 2 случая.