Может ли название филиала ооо отличаться от названия самого ооо?

Законом установлено, что Устав должен содержать сведения о филиалах, и как их назвать ваше право при создании.
Вносите сведения в Устав, в т.ч. о названии, и, думаю, проблем не будет.

нет. можно назвать так - "филиал ООО "Ромашка"

Может, так даже удобнее буде, а то сами запутаетесь, особенно в бухгалтерии

конечно. работала в ООО "Волжский ювелир", а филиалы назывались: "Кристалл", "Рубин", "Жемчуг" и т.п.

законом ограничений на этот счет не установлено