Скажите пожалуйста при увольнении с воинской службы с единовременного пособия на увольнение удерживаются алименты?

Алименты на несовершеннолетних детей удерживаются со всех видов доходов.Пособие при увольнении является одним из видов дохода, он облагается подоходным налогом, соответственно из него производится удержание алиментов.

Да, со всех доходов. Кстати у гражданских нет.

ПРИКАЗ МО РФ от 30 августа 1995 г.N 285:

     6. При удержании  алиментов  с  военнослужащих,  кроме  того,  не учитываются:

    а) единовременные пособия,  дотации,  суммы материальной  помощи, выплачиваемые военнослужащим     в    соответствии    с    действующим законодательством;

(военнослужащим, проходившим военную службу по контракту, при увольнении с военной службы выплачивается единовременное пособие)

Постановление Правительства РФ от 18.07.96г. № 841,  с изм. от 15.08.08г. № 613:

3. Удержание алиментов производится с денежного довольствия (содержания), получаемого военнослужащими, сотрудниками органов внутренних дел и другими приравненными к ним категориями лиц, в том числе:

а) с военнослужащих - с оклада по воинской должности, оклада по воинскому званию, ежемесячных и иных надбавок (доплат) и других дополнительных выплат денежного довольствия, имеющих постоянный характер;

В связи с вышеуказанным  однозначно - нет, в противном случае обращайтесь в суд. Желаю удачи.