Можно заплатить через сбербанк пени по дог.подряда деньгами, выданными на хоз.нужды?

Если вы ООО, то нет. Сбербанк платежи от ЮР лиц не принимает. Налоговая данные квиточки не учитывает.

можно. Чек оплаты приложить к авансовому отчету.