Может ли ООО на УСН продать ОС (транспорт) состоящее на учете менее 3лет ниже остаточной стоимости и чем эго грозит?

При реализации ОС приобретенного в период применения УСН и принятого в расходы, при его реализации нхмо пересчитать сумму единого налога и доплатить в бюджет за прошлые периоды. При 6% это все не важно и можно не делать, а при 15% пересчитаете налог и в расход можно взять только сумму амортизации по бухучету (и то не уверена). Почитайте НК. Продавать раньше срока пр УСН не выгодно.

ничем не грозит, главное, чтобы цена была не ниже рыночной

Согласна с Натальей. Налог все равно заплатите. Если доход, то со всей выручки от продажи, если доходы и расходы, то минимальный налог 1%.