По УСН

конечно ведение кассовых операций обязательно. Вам нужно все восстановить, ну или хотя бы 3 последних месяца, т.к банк обычно их требует. Для этого поднимайте выписки банка и смотрите когда и в каких суммах ложили деньги на счет и снимали со счета. Если у вас не установлен лимит остатка ден. средств на конец дня, то в кассе каждый день должен быть 0 руб.00 коп. Регулируйте остаток приходниками и расходниками, можете договор займа оформить, выдать в подотчет и купить товары или материалы, а также оплатить поставщикам и выплатить з/п.
Нет кассового аппарата? т.е. вы не работаете за наличку?

В пункте 4 статьи 346.11, главы 26.2 УСНО написано
4. Для организаций и индивидуальных предпринимателей, применяющих упрощенную систему налогообложения, сохраняются действующие порядок ведения кассовых операций и порядок представления статистической отчетности.
Так что нужно быстренько сделать кассу и отнести ее на проверку.Если кассового аппарата нет, зарплату то все равно вы выдавали, сделайте займы от учредителей и покажите выдачу.Сделают , конечно,замечание, что нужно было сдать эти деньги в банк ( раз нет разрешения использовать денежные средства), но ничего страшного, штрафа не будет.

За какой период требуют док-ты?
Давность данного нарушения по моему сост. 2 месяца, так что док-ты можно готовить за 2 месяца.

1)Вид деятельности?
2)Снимались деньги с расчетного счета?
3)Могу помочь, это очень просто