Надо ли платить земельный налог, если организация является собственником нежилого помещения в многоквартирном жилом

Всё зависит от того, как скажет собственник земли. Он устанавливает ПРАВИЛА отношений. Если он сильно хочет деньги, то, обдерёт как липку.

нет, поскольку земля не в собственности.

я бухгалтер ...у нас в собственности нежилое помещение в многоквартирном доме ...я не плачу земельный налог , так как ко мне не относится пункт 1 статьи 388 Налогового кодекса.
1. Налогоплательщиками налога (далее в настоящей главе - налогоплательщики) признаются организации и физические лица, обладающие земельными участками на праве собственности, праве постоянного (бессрочного) пользования или праве пожизненного наследуемого владения.

Вы должны оформить договор аренды земли, относящейся к Вашей части здания и платить арендные платежи. .