Как отразить в бухгалтерском учете поступление программного продукта 1С:Бухгалтерия

Я бы на 97 поставила. но можно и на 04.

как поступление НМА

Сразу в затраты и по бухгалтерскому и по налоговому учетам. У Вас не исключительные права, поэтому не НМА. А счет 97 тоже не подходит, Вы обновляете 1С ежемесячно.