Подскажите, в каких случаях ведется раздельный учет по НДС?

Раздельный учет НДС ведется в случаях, когда на предприятии кроме общего налогообложения есть экспорт , импорт, ЕНВД.

Когда вам приходится считать по разным ставкам НДС (0 %, 10 %, 18 %).

Вот Вам по порядку:
1. разные налоговые ставки без НДС, 0%, 10%, 18%.
2. экспорт со ставкой 0%.
3. кроме ОСНО есть вид деятельности с ЕНВД.
Хотя 2 и 3 входит в 1.