налоговая в акте проверки доначислила сумму НДФЛ, часть этой суммы отразилась в годовом отчёте 2НДФЛ сданном позже

если акт уже утвержден и подписан, то ничего там не поменяют и нужно сделать уточненку. если же просто составлен, то подготовьте акт возражений.
опять же...что значит отчет сдан позже? и в какой отчет вошла эта сумма. в отчет за следующий отчетный период?

По-моему проще уточненку подать