минусы для вас могут быть в том, что если вы неплательщик НДС и НДС не выделяете, естественно, в сч/фактуре, то многие покупатели - плательщики НДС - не хотят с такими как Вы работать, им невыгодно, нет НДС к возмещению.
Смотря какой вид деятельности,если у вас производство,то зависит от материалоемкости,вообще НДС это такая головная боль и без конца проверяется
читайте здесь