В чём невыгода сотрудничества организаций на УСН и общем режиме налогообл.?

дла организации на УСН ничем не грозит, а для ОСНО невыгодно, т.к увеличивается налогооблагаемая база за счет НДС

В трудностях для среднего бухгалтера. Он долго обычно понять не может как же ему без счет-фактуры обойтись и думает, что его обманывают, раз он НДС предъявить к оплате не может. Ну плохо у среднего бухгалтера обычно с арифметикой;)

предприятие на ОСН не может списать затраты по уплаченному НДС( а это 20%)

Да, предприятия на ОСН не смогут взять НДС к возмещению, но зато могут (если это услуги) уменьшить базу для расчета налога на прибыль, если закупают у УСН материалы, то увеличивают с/стоимоть и тем самым платят меньше налог на прибыль. А для УСН вообще никаких проблем нет.