Имеется переплата по налогу на прибыль, а также задолженность по НДС. В какой части прибыли я смогу зачесть НДС.

Зачет только по уровням бюджета, т.е. в НДС могут зачесть только переплату по прибыли в фед. бюджет

Да.

в любой части,,пишите заявление и вам в течении месяца зачтут все что вам надо

ст. 78 НК
Зачет сумм излишне уплаченных федеральных налогов и сборов, региональных и местных налогов производится по соответствующим видам налогов и сборов, а также по пеням, начисленным по соответствующим налогам и сборам.
Выделяются три вида налогов - федеральные, региональные, местные (ст. 12 НК РФ).
т.е. зачесть вы можете только в части федерального бюджета