Бухгалтера, подскажите, при переходе с ОСНО на УСН сумма за товар, который был приобретен в прошлом году,а продан в этом

все правильно у вас программа считает, при УСн используется кассовый метод, значит в расходы и доходы включается только оплата по банку или кассе в 2009 году

если к моменту продажи товара вы заплатили за него поставщику, то да