передаёт ли налоговая служба карточки 2ндфл на иностранцев в миграционную службу?

Да, конечно. Сначало вы передаете справки в налоговую по месту регистрации вашей организации, они передают справки в налоговую, которая относиться к иностранцам по месту их временной или постоянной регистрации, а та в свою очередь в миграционную службу.