пограмма 3Ндфл 2008 на сайте налоговой. там какая форма декларации новая? Если я сделаю в программе налоговая примет?

новая или нет, надо уточнять где скачиваете, в ИФНС, а здесь можете проверить действующую декларацию как она выглядит - приказ МФ № 153н от 31.12.2008 года
http://www.rosinteraudit.ru/year2008.html
там же и порядок заполнения и сама форма.

Можно из 1С если она со всеми обновлениями

я делала из 1С , все приняли без вопросов

Если 1С со всеми положенными обновленями-обязанны принять!

декларация должна быть от 31.12.2008 N 153н

примут.