Бухгалтерам! УСНО и НДС. Вопрос внутри.

К сожалению, нет. При УСНО вся деятельность освобождается от НДС. И раздельный учет не поможет. Если будете выставлять НДС, то придется его уплатить государству, отчитаться, и даже просто в расходы поставить его не удасться. Налоговики это прямо запрещают. Если хотите ссылки на документы, то вопросы в почту.
Можно конечно побороться через суд, но никто не гарантирует его решение в Вашу пользу. Скорее наоборот.

Сочувствую, упрощёнка даёт облегчение, но создаёт и проблемы.

Нет ни в коем случае, УСНО это полное отсутствие НДС

УСНО по какому виду деятельности указан при (пере)регистрации? Если не указан то Вам легко. Если указан вы должны пройти перерегистрацию и по новому виду деятельности.

Если при УСНО Вы отгрузите товар с НДС и выставите счет-фактуру, то приготовьтесь к тому, налоговый орган Вас заставит заплатить НДС, а вот вычета Вам не удастся добиться даже через суд. При применении УСНО организация не является плательщиком НДС и выставлять счет-фактуру то же не имеет права, значит и вычет у продавца по незаконному документу будет считаться не действительным. Короче всем плохо. Лучше открыть другое юр лицо на ОСНО.