Подскажите, что значит если налоговая хочет вынести предприятие на городскую проверку?

Ну, проверит вас не рйонная, а городская налоговая.
Ну будет немного труднее общий язык найти, а так - одна малина....

Ничего не значит - просто вышестоящая налоговая берет под контроль предприятия по определенным критериям (напр., НДС к возмещению более 1 млн. руб., прибыль намного меньше, чем у аналогичных, т.е. тех, кто отличается от средних показателей). А может просто наугад - чтобы проверить нижестоящую инспекцию