Подскажите пожалуйста с чего начать вести бухгалтерию ИП?

Ну НК- это само собой!!! Приобретите программу 1С- предприниматель, любой вид налогообложения можно в ней вести, очень удобно, т.к. книга расходов и доходов заполняется автоматически при введении первичного док-та.

С изучения Налогового кодекса

С изучения Налогового Кодекса(желательно с комментариями) тех статей, которые регламентируют учет выбранного вами способа налогообложения-УСН,ЕНВД, ОСН

Без специальных знаний не обойтись. Много ключевых моментов, которые необходимо учитывать. Например, систему налогообложения. Какая у вас? общая или ЕНВД? Виды деятельности? Определиться с целесообразностью программного обеспечения. В чем конкретные трудности? ИП зарегистррован?