Когда ООО покупает у физического лица акции акционерного общества, то оно должно удержать НДФЛ

В случае, если сумма дохода, превышает сумму ранее уплаченных за акции расходов, то "физик" доплатит НДФЛ с этой разницы на основе поданной им декларации. Юр.лицо просто учавствует в купле-продаже, а не платит зарплату (утрированно).
А НДС - это прикол...

Я думаю, что ООО еще и НДС обязано будет заплатить.

Если обячная форма отчетности то оплачисваете НДС, насчет НДФЛ как договоритесь с продавцом, в практике платит покупатель юр.лицо.