нужно ли платить подоходный налог от продажи квартиры которая в собственности находится не более трех лет?

Если квартира в собственности меньше 3-х лет, и ее оценивают в сумму больше 1 миллиона руб. то нужно. С суммы превышающей 1 млн. руб.

нет, смотри НК РФ часть 2

Нужно платить налог на прибыль есле такова есть, по какой цене купил и по какой продал каки суммы будут задекларированны. То есть платить с дохода.

Платится обычный НДФЛ, при этом вызывается оценщик (если через агентство, то нет), из этой рыночной стоимости вычитывается миллион рублей..., а с остальной суммы уплачивается налог в 13% от продажи.