Пассажирский паром Санкт-Петербург-Калининград проходит через таможню?

если не причаливает к соседним государствам, то не должен

Нет!

не проходит, он же идет напрямую без захода в порты иностранных государств!

Нет не проходит, если бы проходил, тогда поезд Москва-Владивосток тоже надо через таможню пропускать!!!

интересно, на этот раз какие-нибудь сюрпризы предвидятся на этапе выбора лучшего ответа?

Таможня есть!(она не может не есть) Но для пассажиров путешествующих без авто всё максимально просто, для тех кто "за рулём" требуется заполнить необходимые документы /redirect.php?url=http://tologistic.ru/index.php?per=Tracing или /redirect.php?url=http://parom.blogspot.com