Хотел получить компенсацию 13% за обучение дочери в универе,сказали не получишь т.к. в справке о доходах сумма 1000 руб

Не зависит налоговый вычет от доходов!

Выплаченный налог с доходов за последние три года (или за последний год) должен быть 13% или более от суммы оплаты за обучение. Тогда проблем не будет, все вернут. А так в принципе и должны возвращать по 130 рублей в течении нескольктих лет.

Компенсация за обучение не выдается, а предоставляется соцальный налоговый вычет по НДФЛ, но так как стандарные вычеты больше, чем сам доход, то предоставлять нечего.

С 1000р. в год и налога нет, что Вам возвращать?

Так как вы практически не являетесь плательщиком подоходного налога вам и возвращать нечего.
Надо жить официально, не скрывать доходы от государства!